การสู้รบทางยุทธนาวี สงครามกลางเมืองอเมริกา กองทัพเรือขนาดเล็กของสหรัฐขยายตังอย่างรวดเร็วในช่วงความขัดแย้ง จากที่มีเจ้าหน้าที่ประจำการเพียง 6,000 นาย ในปี ค.ศ. 1861 ก็เพิ่มจำนวนเป็น 45,000 นายในปี ค.ศ. 1865 มีเรือ 671 ลำ รวมระวางขับน้ำทั้งสิ้น 510,396 ตัน
ภารกิจหลักของทัพเรือคือการปิดล้อมท่าเรือของฝ่ายสมาพันธรัฐ เข้าควบคุมระบบแม่น้ำ ต่อต้านหน่วยจู่โจมของฝ่ายสมาพันธรัฐในทะเล และเตรียมพร้อมสำหรับการเปิดศึกที่มีความเป็นไปได้กับราชนาวีอังกฤษ เนื่องจากความตึงเครียดทางการทูตในกรณีเรือเทรนต์ (Trent Affair) และด้วยความที่การปฏิวัติอุตสาหกรรมในอังกฤษมีพื้นฐานอยู่ที่สิ่งทอ (textile) ประเทศอังกฤษจึงเสียผลประโยชน์จากการปิดล้อมทางทะเลโดยฝ่ายสหภาพอยู่มาก ทำให้มีแรงกดดันจากอุตสาหกรรมสิ่งทอให้เข้าแทรกแทรงความขัดแย้งนี้
อังกฤษจึงมีบทบาทสำคัญในการขนส่งกำลังบำรุงและยุทโธปรณ์ให้กับฝ่ายใต้ ยุทธนาวีที่สำคัญๆส่วนใหญ่เกิดขึ้นในพื้นที่ภาคตะวันตก เพราะการเข้าควบคุมลำน้ำสายใหญ่ๆในแถบนั้นมีความสำคัญต่อยุทธศาสตร์ของกองทัพเรือสหรัฐ ที่ต้องการรุกเข้าไปสู่พื้นที่ใจกลางของสมาพันธรัฐ ในภาคตะวันออกกองทัพเรือทำหน้าที่ส่งกำลังบำรุงและเคลื่อนกำลังพลไปในพื้นที่ต่างๆ และในบางกรณีก็ใช้ยิงบอมบาร์ดฐานหรือป้อมปราการของฝ่ายสมาพันธรัฐ
การสู้รบทางยุทธนาวี สงครามกลางเมืองอเมริกา นายพล วินฟิลด์ สก็อตต์ ได้คิดแผนงูอนาคอนดาขึ้นในราวต้นปี 1861 เพื่อให้ชนะสงครามโดยเสียเลือดเนื้อให้น้อยที่สุด ความคิดเห็นสาธารณะต้องการให้กองทัพสหภาพปฏิบัติการโจมตีทันที เพื่อให้ยึด ริชมอนด์ เมืองหลวงของข้าศึกให้เร็วที่สุด แต่สก็อตต์เป็นเพียงนายทหารอาวุโสเพียงไม่กี่คน ที่ตระหนักว่านี่จะเป็นสงครามที่ยืดเยื้อ และเชื่อว่าการโจมตีเศรษฐกิจของฝ่ายสหพันธรัฐโดยการปิดล้อมทางน้ำเป็นวิธีที่ดีกว่า ลินคอล์นนำแผนของสก็อตต์มาปฏิบัติส่วนหนึ่ง แต่ไม่ฟังคำทัดทานของสก็อตต์เกี่ยวกับระยะเวลาประจำการที่สั้นเพียง 90 วัน ของอาสาสมัคร
ในวันที่ 19 เดือนเมษายน ปี ค.ศ. 1861 ลินคอล์นประกาศเริ่มยุทธวิธีปิดล้อมทางน้ำ ซึ่งต้องใช้กำลังทัพเรือตรวจตราชายฝั่งแอตแลนติก และอ่าวเม็กซิโกยาว 3,500 ไมล์ (5,600 กิโลเมตร) ครอบคลุมท่าเรือหลัก 12 ท่า โดยเฉพาะอย่างยิ่งเมืองท่าที่คับคั่งอย่างนิวออร์ลีนส์ และโมบิล รัฐแอละแบมา นับว่าเป็นความพยายามปิดล้อมชายฝั่งครั้งใหญ่ที่สุดในประวัติศาสตร์จนถึงขณะนั้น ในระยะเริ่มต้น กองทัพเรือสหรัฐมีเรือรบประจำการ 42 ลำ
แต่ส่วนใหญ่ล้าสมัย และมีเพียง 3 ลำที่เหมาะสมสำหรับภารกิจปิดล้อมทางทะเล เลขาธิการกองทัพเรือ กิเดียน เวลส์ (Gideon Welles) เดินหน้าขยายจำนวนเรือรบอย่างรวดเร็ว และเริ่มโปรเจกต่อเรือขนาดใหญ่ขึ้นทันที มีการขอซื้อเรือพาณิชย์และเรือขนส่งผู้โดยสารของพลเรือน กองทัพเรือได้เรือกำปั่นไฟ เกือบ 80 ลำ และเรือกำปั่นใบ 60 ลำ เพิ่มขึ้นมาในช่วงสิ้นปีแรกของสงคราม พอถึงเดือนพฤศจิกายนปีถัดไป จำนวนเรือกำปั่นไฟของกองทัพเรือสหรัฐก็เพิ่มเป็น 282 ลำ กับเรือกำปั่นใบอีก 102 ลำ และในตอนท้ายของสงครามฝ่ายสหภาพมีเรือประจำการอยู่ทั้งหมดถึง 671ลำ
เมื่อสงครามกลางเมืองเริ่มต้นขึ้นในเดือนเมษายน 1861 ฝ่ายสมาพันธรัฐอเมริกาแทบไม่มีเรือรบอยู่ในประจำการเลย ความช่วยเหลือส่วนใหญ่ในการส่งกำลังบำรุง และการต่อเรือรบ ล้วนมาจากบริเตนใหญ่นอกจากนี้ฝ่ายสมาพันธรัฐก็ไม่ได้รับการรับรองอย่างเป็นทางการจากประเทศมหาอำนาจส่วนใหญ่ ปธน.เจฟเฟอร์สัน เดวิส จึงหันไปหาความช่วยเหลือของเอกชน โดยเสนอออกใบสัมปทานสงคราม หรือ เล็ตเตอร์ ออฟ มาร์ก (Letter of Marque) ซึ่งอนุญาตให้เอกชนที่ยอมเอาเรือมาใช้ในภาระกิจหลวงให้ได้รับส่วนแบ่งกำไรจากเรือข้าศึกที่จับได้ทางกองทัพเรือของสมาพันธรัฐจึงประกอบไปด้วยเรือไปรเวทเทียร์ (privateer) เป็นจำนวนมาก แต่ลินคอล์นไม่ยอมรับว่าฝ่ายสมาพันธรัฐมีความชอบธรรม หรืออำนาจใดๆที่จะให้สัมปทานสงครามกับเอกชน และขู่ที่จะปฏิบัติต่อปฏิบัติการของเอกชนในลักษณะนี้ อย่างการกระทำอันเป็นโจรสลัด แต่เนื่องจากสหรัฐไม่ได้เข้าร่วมลงนามใน ประกาศกรุงปารีส ปี 1856 ว่าด้วยกฎหมายพาณิชนาวี ซึ่งห้ามไม่ให้มีไปรเวทเทียร์ ทางรัฐบาลอังกฤษจึงปฏิเสธไม่ยอมรับประกาศของลินคอล์นว่ามีผลในทางกฎหมายระหว่างประเทศ
ในระยะแรกของสงคราม การปิดล้อมทางทะเลของฝ่ายสหภาพไม่ค่อยได้ผล เพราะกำลังทางเรือมีไม่พอจะไปปิดล้อมชายฝั่งยาวเป็นพันๆไมล์ได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทางฝ่ายใต้จึงสามารถใช้เรือกลไฟที่มีความเร็ว หรือ blockade runners แล่นฝ่าการปิดล้อมไปได้ง่ายๆ ลูกเรือของไปรเวทเทียร์เหล่านี้ส่วนใหญ่เป็นคนอังกฤษ ซึ่งมีทั้งที่เป็นทหารเรือจากราชนาวีอังกฤษ และที่เป็นพลเรือน ทั้งนี้เป็นเพราะทางฝ่ายสมาพันธรัฐมีจำนวนทหารเรือ กะลาสี หรือต้นหนที่ได้รับการฝึกแล้วไม่เพียงพอจะปฏิบัติการส่งบำรุงเอง ในระยะแรกฝ่ายสมาพันธรัฐจึงพึ่งพาธุรกิจเอกชนทั้งในภาคใต้เองและในอังกฤษเป็นผู้จัดส่งกำลังบำรุง กับทรัพยากรที่ขาดแคลนเกือบทั้งหมด แต่ต่อมากองทัพเรือสมาพันธรัฐเริ่มติดต่อประเทศในยุโรป เพื่อหาเรือเข้าประจำการเอง
เมื่อเรือเร็วหนีการปิดล้อม (blockade runners) ถูกจับได้ ทั้งตัวเรือและสินค้าที่บรรทุกจะถูกศาลสั่งให้ตกเป็นรางวัลของสงคราม (prize of war) และขายเอาเงินมาแจกจ่ายให้กับลูกเรือของฝ่ายสหภาพ ส่วนลูกเรือที่เป็นคนบริติชก็มักจะถูกปล่อยตัว อย่างไรก็ดีเมื่อขนาดของกองทัพเรือฝ่ายเหนือใหญ่ขึ้นในปีหลังๆของสงคราม การแล่นฝ่าการปิดล้อมก็ทำได้ยากขึ้น เรือใหญ่ๆหมดสิทธิที่จะแล่นฝ่าด่านปิดล้อมไปได้ ต้องอาศัยเรือที่ออกแบบมาเพื่อความเร็วโดยเฉพาะเท่านั้น และโอกาสที่จะถูกฝ่ายข้าศึกจับได้เพิ่มเป็นถึง 1 ใน 3 เมื่อสงครามเข้าสู่ปีที่ 1864
การพัฒนาการของกองทัพเรือสมัยใหม่
ถึงแม้จะด้อยกว่ามากในด้านกำลังทางนาวี แต่กองทัพเรือสมาพันธรัฐก็เข็นเอานวัตกรรมด้านการรบทางน้ำออกมาหลายอย่าง ซึ่งมีทั้งการสร้างและดัดแปลงเรือตอปิโดเสากระโดง (Spar Torpedo) และเรือดำนำที่ขับเคลื่อนด้วยมือ ซึ่งออกปฏิบัติการได้สำเร็จแต่กลับมาไม่ถึงฝั่ง เลขาธิการกองทัพเรือสมาพันธรัฐ สตีเฟน มัลลอรี (Stephen Mallory) ตัดสินใจลงทุนในเทคโนโลยีใหม่ของเรือรบหุ้มเกราะ ไอรอนแคลด เรือรบหุ้มเกราะลำแรกของสงคราม เป็นการเอาเรือเจาะน้ำแข็ง อีน็อค (Enoch) ที่ถูกไปรเวทเทียร์ วี.เอช.ไอวี (V.H. Ivy) ยึดมาได้มาปรับปรุงและดัดแปลงติดตั้งเกราะ แล้วเอาเข้าประจำการในชื่อ ซีเอสเอส. มานาสซัส (CSS Manassas) แต่ลำที่ฝ่ายสมาพันธรัฐสร้างขึ้นเองลำแรก คือ ซีเอสเอส เวอร์จิเนีย (CSS Virginia) โดย สตีเฟน มัลลอรี สร้างขึ้นด้วยการไปกู้เอาเครื่องจักรมาจากเรือ ยูเอสเอส เมอรริแม็ค (USS Merrimack) ที่ถูกจม แล้วตั้งชื่อใหม่ให้ว่า ซีเอสเอส เวอร์จิเนีย มันปฏิบัติหน้าที่วันแรกเมื่อ 8 มีนาคม ปี 1862 เรือ เวอร์จิเนีย สามารถจมเรือฝ่ายสหภาพที่เป็นเรือไม้ได้หลายลำในการรบวันแรก ในยุทธนาวีแฮมพ์ตันโรดส์ แต่ในวันถัดมาก็เจอคู่ปรับสายพันธ์เดียวกัน ได้แก่ เรือ ยูเอสเอส มอนิเตอร์ (USS Monitor) เรือรบหุ้มเกราะฝ่ายสหภาพที่สร้างตามนวัตกรรมการออกแบบของ จอห์น เอริคสัน การปะทะกันครั้งแรกของเรือรบหุ้มเกราะในอ่าว เชสะพีค (Chesapeake) กินเวลาสามชั่วโมงและจบลงโดยไม่มีฝ่ายใดเพลี่ยงพล้ำ แต่นับเป็นจุดเริ่มต้นของการมาถึงของเทคโนโลยีของยุทธนาวีในยุคต่อไป
เทคโนโลยีเรือรบหุ้มเกราะเป็นความก้าวหน้าสำคัญในเทคโนโลยีการสงครามทางน้ำ สงครามกลางเมืองสหรัฐพิสูจน์ว่าเรือ ไอรอนแคลด ได้เข้ามาแทนที่ เรือรบแนวเส้นประจัญบาน หรือ ship of the line (of battle) ซึ่งครองความเป็นใหญ่ในสงครามทางทะเลมาตลอดสามศตวรรษ เรือที่ถูกสร้างขึ้นในสงครามกลางเมืองสหรัฐ ยังส่งผลกระทบต่อการสงครามในอีกซีกโลกด้วย ตัวอย่างที่มีชื่อเสียงคือ ซีเอสเอส สโตนวอลล์ (CSS Stonewall) ซึ่งต่อขึ้นที่ บอร์โด ประเทศฝรั่งเศส โดยภายหลังถูกขายต่อและส่งมอบให้กับรัฐบาลเมจิของญี่ปุ่น ในชื่อเรือโคเทะสึ และมีบทบาทสำคัญในการยุติสงครามโบะชิงในญี่ปุ่น
