ความขัดแย้งเปิดฉากในยุคเอโดะ วันที่ 27 มกราคม ค.ศ. 1868 กำลังฝ่ายรัฐบาลโชกุนโจมตีกำลังของโชชูและซะซึมะ โดยปะทะใกล้โทะบะและฟุชิมิ ณ ทางเข้าทิศใต้ของกรุงเกียวโต บางส่วนของกำลังฝ่ายรัฐบาลโชกุนจำนวน 15,000 นายได้รับฝึกโดยที่ปรึกษาทางทหารชาวฝรั่งเศส แต่ส่วนใหญ่ยังเป็นกำลังซามูไรสมัยกลาง ในกำลังซามูไรนั้นยังมีชินเซ็งงุมิด้วย ขณะเดียวกัน กำลังโชชูและซัตสึมะเป็นจำนวนน้อยกว่าถึง 3:1 แต่มีกองทัพทันสมัยโดยมีเฮาวิตเซอร์อาร์มสตรอง ปืนเล็กยาวมีนี (Minié rifle) และปืนแกตลิง (Gatling gun) หลังเริ่มต้นโดยไม่รู้ผลแพ้ชนะ ในวันที่สอง มีการส่งธงจักรพรรดิให้ทหารฝ่ายป้องกัน และพระญาติของจักรพรรดิ นินนะจิโนะมิยะ โยะชิอะกิ ได้รับแต่งตั้งเป็นผู้บัญชาการทหาร ทำให้กองทัพนั้นเป็นกองทัพจักรพรรดิ อย่างเป็นทางการ
ยิ่งไปกว่านั้น ไดเมียวท้องถิ่นหลายคนซึ่งจนถึงบัดนี้ยังซื่อสัตย์ต่อโชกุน เริ่มแปรพักตร์เข้ากับฝ่ายราชสำนักจักรพรรดิเพราะถูกมหาดเล็กชักจูง ไดเมียวดังกล่าวมีไดเมียวโยโดะเมื่อวันที่ 5 กุมภาพันธ์ และไดเมียวสึเมื่อวันที่ 6 กุมภาพันธ์ เปลี่ยนสมดุลทางทหารให้เข้าทางฝ่ายจักรพรรดิมากขึ้น
ความขัดแย้งเปิดฉากในยุคเอโดะ
วันที่ 7 กุมภาพันธ์ โทกูงาวะ โยชิโนบุ ซึ่งชัดเจนว่าอึดอัดกับพระบรมราชานุญาตที่จักรพรรดิพระราชทานแก่การกระทำของซัตสึมะและโชชู หนีจากโอซะกะบนเรือไคโยมะรุ ไปเอะโดะ กำลังรัฐบาลโชกุนที่เสียขวัญจากการหนีของโชกุนและการหักหลังของโยะโดะและสึถอย ทำให้การประจัญหน้าที่โทะบะ-ฟุชิมิเป็นชัยของฝ่ายจักรพรรดิ แม้มักถือกันว่าฝ่ายรัฐบาลโชกุนน่าจะชนะ ไม่ช้าปราสาทโอซะกะถูกล้อมในวันที่ 8 กุมภาพันธ์ (หรือวันที่ 1 มกราคมตามปฏิทินตะวันตก) นำให้ยุทธการที่โทะบะ-ฟุชิมิสิ้นสุด
ความขัดแย้งเปิดฉากในยุคเอโดะ ขณะเดียวกัน ในวันที่ 28 มกราคม ค.ศ. 1868 เกิดยุทธนาวีที่อะวะระหว่างรัฐบาลโชกุนและกองทัพเรือซัตสึมะบางส่วน นับเป็นยุทธนาการระหว่างกองทัพเรือสมัยใหม่สองทัพครั้งที่สองของประเทศญี่ปุ่น ยุทธนาวีขนาดเล็กดังกล่าวยุติลงโดยรัฐบาลโชกุนเป็นฝ่ายชนะ
ส่วนในด้านการทูต รัฐมนตรีของต่างชาติประชุมในท่าเปิดฮโยโงะ (ปัจจุบันคือ โคเบะ) ในต้นเดือนกุมภาพันธ์ ออกคำประกาศว่ารัฐบาลโชกุนยังถือเป็นรัฐบาลโดยชอบแห่งเดียวของญี่ปุ่น ให้ความหวังแก่โทกูงาวะ โยชิโนบุว่าต่างชาติ (โดยเฉพาะอย่างยิ่งฝรั่งเศส) อาจพิจารณาแทรกแซงโดยถือข้างเขา ทว่า ไม่กี่วันต่อมา ผู้แทนจักรพรรดิที่เยี่ยมรัฐมนตรีเหล่านั้นประกาศว่ายุบรัฐบาลโชกุนแล้ว จะเปิดท่าตามสนธิสัญญาระหว่างประเทศ และจะคุ้มครองคนต่างด้าว รัฐมนตรีดังกล่าวจึงตัดสินใจรับรองรัฐบาลใหม่
กระนั้น ความรู้สึกต่อต้านต่างด้าวนำสู่การโจมตีคนต่างด้าวหลายครั้งในหลายเดือนต่อมา ซามูไรโทะซะฆ่ากะลาสีชาวฝรั่งเศสสิบเอ็ดคนจากเรือคอร์เว็ตดูเปลอิส (Dupleix) ในเหตุการณ์ซะไกในวันที่ 8 มีนาคม ค.ศ. 1868 สิบห้าวันต่อมา เซอร์แฮร์รี ปากส์ เอกอัครราชทูตบริติช ถูกซามูไรกลุ่มหนึ่งทำร้ายในถนนกรุงเกียวโต
เอะโดะยอมจำนน
ตั้งแต่เดือนกุมภาพันธ์ ด้วยความช่วยเหลือของเลยง โรเช (Léon Roches) เอกอัครราชทูตฝรั่งเศส มีการร่างแผนเพื่อหยุดการรุกของราชสำนักจักรพรรดิที่โอะดะวะระ จุดเข้ายุทธศาสตร์สุดท้ายสู่เอะโดะ แต่โยชิโนบุตัดสินใจค้านแผนนี้ เลยง โรเชประหลาดใจและลาออกจากตำแหน่ง ในต้นเดือนมีนาคม ภายใต้อิทธิพลของรัฐมนตรีบริติช แฮร์รี ปากส์ ต่างชาติลงนามความตกลงความเป็นกลางเข้มงวด ซึ่งตามสนธิสัญญานั้น ต่างชาติไม่สามารถแทรกแซงหรือให้กำลังบำรุงทางทหารแก่ฝ่ายใดฝ่ายหนึ่งจนความขัดแย้งยุติ
ไซโง ทะกะโมะรินำทัพจักรพรรดิคว้าชัยไปทางเหนือและตะวันออกทั่วประเทศญี่ปุ่น โดยชนะที่ยุทธการที่โคชู-คะสึนุมะ สุดท้ายเขาล้อมเอะโดะในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1868 นำไปสู่ความปราชัยอย่างไม่มีเงื่อนไขหลังคัตสึ คะอิชู รัฐมนตรีสงครามของโชกุน เจรจาการยอมจำนน บางกลุ่มยังต่อต้านต่อไปหลังการยอมจำนนนี้แต่แพ้ในยุทธการที่อุเอะโนะในวันที่ 4 กรกฎาคม ค.ศ. 1868
ขณะเดียวกัน ผู้นำกองทัพเรือของโชกุน เอะโนะโมะโตะ ทะเกอะกิ ปฏิเสธยอมจำนนเรือทั้งหมดของเขา เขาส่งเรือให้เพียงสี่ลำ ซึ่งในนั้นมีฟุจิซัง แต่เขาหลบหนีขึ้นเหนือไปพร้อมกับกองทัพเรือโชกุนที่เหลือ (เรือรบไอน้ำแปดลำ) และทหารเรือ 2,000 นาย ด้วยหวังจัดการโจมตีตอบโต้ร่วมกับไดเมียวทางเหนือ เขามีที่ปรึกษาทางทหารชาวฝรั่งเศสจำนวนหนึ่งเข้าด้วย ที่ขึ้นชื่อที่สุดคือ ฌูล บรูเน (Jules Brunet) ซึ่งลาออกจากกองทัพบกฝรั่งเศสอย่างเป็นทางการเพื่อเข้ากับกบฏ
การแข็งข้อของแนวร่วมฝ่ายเหนือ
หลังโยชิโนบุยอมจำนน ประเทศญี่ปุ่นส่วนมากก็ยอมรับการปกครองของจักรพรรดิ แต่แนวร่วมแว่นแคว้นในภาคเหนือซึ่งสนับสนุนแคว้นไอสึยังแข็งข้อต่อไป ในเดือนพฤษภาคม ไดเมียวในภาคเหนือหลายคนตั้งพันธมิตรเพื่อต่อกรกองทัพจักรพรรดิ ส่วนใหญ่ประกอบด้วยกำลังจากแคว้นเซ็นได โยะเนะซะวะ ไอสึ โชนะอิและนะงะโอะกะ มีทั้งสิ้น 50,000 นาย เจ้าฝ่ายจักรพรรดิพระองค์หนึ่ง คิตะชิระกะวะ โยะชิฮิซะ เสด็จหนีขึ้นเหนือพร้อมพลพรรครัฐบาลเอโดะ และได้รับแต่งตั้งเป็นหัวหน้าในนามของแนวร่วมฝ่ายเหนือ โดยเจตนาตั้งพระองค์เป็น “จักรพรรดิโทะบุ”
กองเรือของเอะโนะโมะโตะถึงท่าเซ็นไดในวันที่ 26 สิงหาคม แม้ว่าแนวร่วมฝ่ายเหนือมีทหารมากมาย แต่ติดอาวุธเลวและอาศัยวิธีการต่อสู้แบบเก่า ยุทธภัณฑ์สมัยใหม่ขาดแคลน และมีความพยายามกระชั้นชิดในการสร้างปืนใหญ่ทำด้วยไม้และเสริมความแข็งแรงด้วยการรัดเชือกและยิงกระสุนหิน ปืนใหญ่ดังกล่าวที่ติดตั้งบนสิ่งปลูกสร้างตั้งรับ ยิงกระสุนได้สี่ถึงห้านัดเท่านั้นก่อนระเบิด อีกฝ่ายหนึ่ง ไดเมียวนะงะโอะกะจัดการหาปืนแกตลิงสองจากสามกระบอกในประเทศญี่ปุ่น และปืนเล็กยาวฝรั่งเศสสมัยใหม่ 2,000 กระบอกจากพ่อค้าอาวุธชาวเยอรมัน เฮนรี ชเนลล์ (Henry Schnell)
ในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1868 ไดเมียวนะงะโอะกะสร้างความสูญเสียใหญ่หลวงต่อกำลังฝ่ายจักรพรรดิในยุทธการที่โฮะกุเอตสึ (Hokuetsu) แต่สุดท้ายปราสาทของเขาเสียในวันที่ 19 พฤษภาคม ทหารฝ่ายจักรพรรดิยังเคลื่อนขึ้นเหนือ พิชิตชินเซ็งงุมิที่ยุทธการที่ช่องเขาโบะนะริ ซึ่งเปิดทางให้เข้าตีปราสาทไอสึวะกะมัตสึในยุทธการที่ไอสึในเดือนตุลาคม ค.ศ. 1868 ทำให้ป้องกันที่ตั้งดังกล่าวไม่ได้
แนวร่วมพังทลาย และในวันที่ 12 ตุลาคม กองเรือออกจากเซ็นไดมุ่งหน้าสู่ฮกไกโด หลังได้เรืออีกสองลำ และทหารอีกประมาณ 1,000 นาย กำลังรัฐบาลโชกุนที่เหลือภายใต้โอโตะริ เคสึเกะ กำลังชินเซ็งงุมิภายใต้ฮิจิกะตะ โทะชิโซ เหล่ากองโจร (ยูเงะกิไต) ภายใต้ฮิโตะมิ คัตสึตะโร เช่นเดียวกับที่ปรึกษาชาวฝรั่งเศสอีกหลายคน
วันที่ 26 ตุลาคม เอะโดะถูกเปลี่ยนชื่อเป็นโตเกียว และสมัยเมจิเริ่มต้นอย่างเป็นทางการ ไอสึถูกล้อมเริ่มตั้งแต่เดือนนั้น นำไปสู่การฆ่าตัวตายหมู่ของนักรบหนุ่มเบียะโกะไต (เหล่าพยัคฆ์ขาว) หลังยุทธการยืดเยื้อหนึ่งเดือน สุดท้ายไอสึยอมจำนนในวันที่ 6 พฤศจิกายน
ความพ่ายแพ้ครั้งสุดท้ายและการยอมจำนน
กองทัพเรือจักรพรรดิถึงท่ามิยะโกะเมื่อวันที่ 20 มีนาคม แต่กบฏเอะโซะคาดหมายการมาของเรือฝ่ายจักรพรรดิและจัดระเบียบแผนบ้าบิ่นในการยึดโคเตะซึ มีการส่งเรือรบสามลำสำหรับโจมตีผิดคาด โดยมีผู้บังคับบัญชาชินเซ็งงุมิ ฮิจิกะตะ โทะชิโซเป็นผู้นำ เรียก ยุทธนาวีที่อ่าวมิยะโกะ ยุทธนาวียุติลงด้วยความล้มเหลวของฝ่ายโทกูงาวะ เนื่องจากสภาพอากาศเลว ปัญหาเครื่องยนต์และการใช้ปืนแกตลิงโดยกำลังฝ่ายจักรพรรดิต่อคณะขึ้นเรือซามูไรอย่างเด็ดขาด
ไม่นาน กำลังฝ่ายจักรพรรดิรวบรวมการควบคุมบนแผ่นดินใหญ่ญี่ปุ่น และในเดือนเมษายน ค.ศ. 1869 ส่งกองเรือและกำลังทหารราบ 7,000 นายไปเอะโซะ เริ่มต้นยุทธการที่ฮาโกดาเตะ กำลังฝ่ายจักรพรรดิคืบหน้าอย่างรวดเร็วและชนะยุทธนาการทางเรือ ณ อ่าวฮาโกดาเตะ เป็นยุทธนาวีทางเรือขนาดใหญ่ครั้งแรกของประทเศญี่ปุ่นระหว่างกองทัพเรือสมัยใหม่ ขณะที่ป้อมโกะเรียวกะกุถูกทหารที่เหลือ 800 นายล้อม เมื่อเห็นสถานการณ์เข้าตาจน
ที่ปรึกษาชาวฝรั่งเศสหลบหนีไปเรือฝรั่งเศสซึ่งประจำอยู่ในอ่าวฮาโกดาเตะ แคตโลกง (Coëtlogon) ภายใต้การบังคับบัญชาของดูว์เปตี-ตูอาร์ (Dupetit-Thouars) แล้วโดยสารกลับไปโยะโกะฮะมะและฝรั่งเศส ญี่ปุ่นขอให้ที่ปรึกษาชาวฝรั่งเศสรับการพิพากษาในประเทศฝรั่งเศส ทว่า เนื่องจากการสนับสนุนของประชาชนในประเทศฝรั่งเศสจากกรรมของพวกเขา อดีตที่ปรึกษาชาวฝรั่งเศสในประเทศญี่ปุ่นจึงไม่ถูกลงโทษ
เอะโนะโมะโตะแน่วแน่ที่จะต่อสู้จนจบ และส่งทรัพย์มีค่าของเขาให้ข้าศึกเพื่อเก็บรักษา ในนั้นมีรหัสกองทัพเรือที่เขานำกลับจากฮอลแลนด์ซึ่งเขามอบให้พลเอกของฝ่ายจักรพรรดิ คุโระดะ คิโยะตะกะ และโอะโตะริเกลี้ยกล่อมให้เขายอมจำนน โดยบอกเขาให้ตัดสินใจใช้ชีวิตผ่านความพ่ายแพ้เป็นวิถีที่หาญกล้าอย่างแท้จริง “หากท่านประสงค์ตาย ท่านสามารถทำได้ทุกเวลา” เอะโนะโมะโตะยอมจำนนเมื่อวันที่ 27 มิถุนายน ค.ศ. 1869 โดยยอมรับการปกครองของจักรพรรดิเมจิ และสาธารณรัฐเอะโซะก็ไม่มีอีกต่อไป
