
ค่าธรรมเนียม การใช้คลองปานามา กำหนดโดยองค์การบริหารคลองปานามา ราคาขึ้นอยู่กับประเภทของเรือ ขนาดและประเภทของสินค้าที่ขนมากับเรือ
สำหรับเรือขนสินค้า ค่าธรรมเนียมประเมินจากทีอียู (TEU ย่อมาจาก Twenty-foot Equivalent Unit) ซึ่งเป็นขนาดของคอนเทนเนอร์ มีขนาด 20 ฟุต (6 เมตร) x 8 ฟุต (2 เมตร) x 8.5 ฟุต (2.6 เมตร) มีผลบังคับใช้ตั้งแต่วันที่ 1 พฤษภาคม ค.ศ. 2007 ซึ่งมีค่าธรรมเนียมอยู่ที่ 54 ดอลลาร์สหรัฐต่อ 1 ทีอียู เรือขนสินค้าที่ใหญ่ที่สุดอาจขนสินค้าได้ถึง 4,400 ทีอียู แต่มีข้อลดหย่อนลดราคาสำหรับเรือเปล่าที่ไม่มีผู้โดยสาร ไม่มีการขนสินค้า
แต่เรือส่วนใหญ่จะจ่ายค่าธรรมเนียมในหน่วย PC/UMS (Panama Canal/Universal Measurement System) ที่ 1 ตันมีค่าเท่ากับ 100 ลูกบาศก์ฟุต (2.8 ลูกบาศก์เมตร) โดยค่าธรรมเนียมในปี 2007 อยู่ที่ 3.26 ดอลลาร์สหรัฐต่อตัน สำหรับ 10,000 ตันแรก และ จ่ายที่ 3.19 ดอลลาร์สหรัฐต่อตัน สำหรับ 10,000 ตันถัดไป และหากเกินกว่านั้นยอดที่เหลือคิดที่ 3.14 ดอลลาร์สหรัฐต่อตัน และราคามีข้อลดหย่อนสำหรับเรือเปล่าเช่นกัน
ส่วนเรือขนาดเล็ก ค่าธรรมเนียมขึ้นอยู่กับความยาว โดยราคา ณ ปี ค.ศ. 2007 อยู่ที่

ค่าธรรมเนียม การใช้คลองปานามา สำหรับค่าธรรมเนียมที่แพงที่สุดที่มีการบันทึก เกิดขึ้นเมื่อวันที่ 16 พฤษภาคม ค.ศ. 2008 จากเรือขนสินค้าที่ชื่อว่า Disney Magic จ่ายค่าธรรมเนียมไป 331,200 ดอลลาร์สหรัฐ ส่วนค่าธรรมเนียมที่ถูกที่สุดคือ 36 เซนต์ สำหรับเรือของนักเดินทางชาวอเมริกันที่ชื่อ ริชาร์ด ฮาลลิเบอร์ตัน ในปี ค.ศ. 1928 ส่วนค่าธรรมเนียมเฉลี่ยอยู่ที่ 54,000 ดอลลาร์สหรัฐ
ปัจจุบันค่าธรรมเนียมในการผ่านทางสำหรับเรือขนาดใหญ่ที่สุดอยู่ที่ 14 ล้านบาท และในแต่ละปีมีเรือแล่นผ่านคลองปานามาทั้งสิ้นประมาณ 17,500 ลำ สร้างความมั่งคั่งให้กับพื้นที่โดยรอบใกล้เขตคลองอย่างมหาศาล
ประตูกั้นน้ำ

เส้นทางและองค์ประกอบ
คลองปานามาประกอบด้วยทะเลสาบที่ขุดขึ้น 17 แห่ง และมีหลายจุดขุดเป็นช่องทางการเดินเรือ มีประตูอยู่ 2 จุด ทางฝั่งมหาสมุทรแปซิฟิกและมหาสมุทรแอตแลนติก
จากทางมหาสมุทรแปซิฟิก ทางเข้าจากอ่าวปานามา ถึงประตูมีราโฟลเรส เป็นประตูน้ำ 2 ส่วน มีระยะทาง 13.2 กิโลเมตร (8.2 ไมล์) จากอ่าวปานามาเมื่อผ่านไปจะลอดสะพานบริดจ์ออฟดิอเมริกาส์ ต่อมาคือประตูมีราโฟลเรส ซึ่งมีกำแพงขนาดราวยาว 1.7 กิโลเมตร (1.1 ไมล์) ขนาบอยู่ จากจุดนี้ระดับน้ำจะสูงขึ้นไปอีก 16.5 เมตร (54 ฟุต) เหนือระดับน้ำทะเล ถัดมาคือประตูเปโดรมีเกล ซึ่งมีความยาว 1.4 กิโลเมตร (0.8 ไมล์) เป็นจุดสุดท้ายที่มีการยกระดับขึ้นไป โดยยกขึ้นอีก 9.5 เมตร (31 ฟุต) ขึ้นสู่ระดับน้ำของคลอง
ช่องเขาเกลลาร์ดเป็นส่วนที่แยกทวีปอเมริกาออกเป็น 2 ส่วน โดยตัดภูเขากูเลบราเป็นระยะทาง 12.6 กิโลเมตร (7.8 ไมล์) ด้วยระดับความสูง 26 เมตร (85 ฟุต) จากระดับน้ำทะเล การตัดคลองมีลักษณะโค้ง ปัจจุบันกำลังเพิ่มความกว้างขนาดคลองเพื่อความปลอดภัย
และถัดไปคือลอดสะพานเซนเทนเนียล แล้วจึงเข้าสู่แม่น้ำตามธรรมชาติคือแม่น้ำชาเกรส ตรงช่วงกลางของแม่น้ำมีเขื่อนกาตูน มีฐานเขื่อนกว้าง 8.5 กิโลเมตร (5.3 ไมล์) มียอดเขื่อนกว้าง 30.5 เมตร ถัดมาคือทะเลสาบกาตูน ครอบคลุมพื้นที่ 418.25 ตารางกิโลเมตร ถือเป็นทะเลสาบที่ใหญ่ที่สุดที่มนุษย์สร้างขึ้น และสุดท้ายประตูกาตูน เป็นประตูน้ำฝั่งมหาสมุทรแอตแลนติก แบ่งเป็นประตูน้ำ 3 ส่วน แต่ละประตูน้ำแบ่งเป็น 2 ช่องทาง
ซึ่งแต่ละประตูจะมีความกว้าง 33.5 เมตร ยาว 305 เมตร รถลากจะลากเรือเข้ามาในประตูน้ำ หลังจากนั้นจะทำการปรับระดับน้ำทีละฟุต โดยใช้หลักการแรงดันน้ำจากระดับน้ำที่สูงกว่ายกระดับเรือผ่านประตูน้ำทั้ง 3 ระดับ ให้สูงกว่าระดับน้ำทะเลที่ 26 เมตร
วันที่ในข่าวนี้ 1 มกราคม 2007 วันที่ประมาณการ