จุดจบของสงครามกลางเมืองอเมริกา พอเข้าปี ค.ศ. 1864 ลินคอล์นก็มอบอำนาจสั่งการกองทัพทั้งหมดให้กับ จอมพล ยูลิสซีส เอส. แกรนต์ โดยแกรนต์ใช้กองทัพโพโทแม็ค (Army of the Potomac) เป็นกองบัญชาการ และให้อำนาจบัญชาการกองกำลังทางแนวรบตะวันตกเกือบทั้งหมดแก่ พลตรี วิลเลียม ที. เชอร์แมน จอมพลแกรนต์มีความเข้าใจคอนเซปต์ของสงครามเบ็ดเสร็จ ทั้งยังเห็นตรงกับลินคอล์น และเชอร์แมนว่า
วิธีเดียวที่จะพิชิตฝ่ายสมาพันธรัฐและยุติสงครามได้ ก็คือการทำลายทั้งกองกำลัง และฐานทางเศรษฐกิจของฝ่ายข้าศึกโดยสิ้นเชิง แต่เน้นย้ำว่าเป้าหมายไม่ใช่พลเรือนของฝ่ายตรงข้าม หากแต่เป็นการเข้ายึดเสบียงอาหาร และทำลายบ้าน เรือกสวนไร่นา และทางคมนาคมทางรถไฟ ซึ่งมิฉะนั้นทรัพยากรเหล่านี้จะถูกนำไปใช้ทางการสงครามโดยฝ่ายกบฏแกรนต์สร้างยุทธศาสตร์แบบครบวงจรขึ้นเพื่อโจมตีฝ่ายข้าศึกจากหลายทิศทาง นายพลจอร์จ มี้ด กับเบนจามิน บัทเลอร์ ได้รับคำสั่งให้เคลื่อนพลเข้าประชิด นายพลลี ไม่ไกลจากริชมอนด์, นายพลฟรานซ์ ซีเกล (และต่อมาฟิลิป เชอริแดน) ให้เข้าโจมตี เชเนินโดอา วัลเลย์ (Shenandoah Valley), นายพลเชอร์แมนได้รับคำสั่งให้ลงใต้เพื่อเข้ายึดแอตแลนตา และเดินทัพต่อไปจนถึงแอตแลนติก, ส่วนนายพลจอร์จ ครุก กับวิลเลียม แอเวอเรล มีหน้าที่ปฏิบัติการณ์โจมตีเส้นทางรถไฟลำเลียงในเวสต์เวอร์จิเนีย, และสุดท้ายให้พลตรีเนธานเนียล พี. แบงค์ส เข้ายึดเมืองโมบิลรัฐแอละแบมา
จุดจบของสงครามกลางเมืองอเมริกา กองทัพของแกรนต์เริ่มการทัพโอเวอร์แลนด์ โดยมีเป้าประสงค์ที่จะดึงนายพลลีมาป้องกันเมืองริชมอนด์ เพื่อที่จะตรึงทัพใหญ่ของลีเอาไว้และทำลายเสีย โดยเบื้องต้นกองกำลังสหภาพพยายามเดินทัพผ่านลีไปให้ได้ ทำให้ต้องเข้าสู้รบกันในหลายยุทธการ ยุทธการที่มีชื่อเสียง ได้แก่ ยุทธการที่วิลเดอร์เนส, ยุทธการที่สป็อตซิลเวเนีย และ ยุทธการที่โคลด์ฮาร์เบอร์ การสู้รบในสมรภูมิเหล่านี้ทำให้ทั้งสองฝ่ายต้องสูญเสียอย่างหนัก และบังคับให้กองทัพสมาพัธรัฐของนายพลลี ต้องถอยร่นหลายครั้ง
นายพลเบนจามิน บัทเลอร์พยายามโอบปีกกองทัพของลีจากทางทิศใต้ เพื่อเข้าตีเมืองหลวง แต่เดินทัพชักช้าทำให้ล้มเหลว ถูกกองทัพหนุนของนายพลโบรีการ์ดตรึงสกัดไว้ที่คุ้งน้ำบริเวณหมู่บ้านเบอมิวดาฮันเดร็ด ความล้มเหลวอย่างต่อเนื่องเช่นนี้ ก็ไม่ต่างกับภายใต้การนำของผู้บัญชาการคนก่อน ๆ แต่นายพลแกรนต์ต่างออกไปเพราะเดินหน้าสู้ต่อไปแทนที่จะหนี ความมุ่งมั่นของแกรนต์สามารถกดดันกองทัพเวอร์จิเนียเหนือของลี ให้ถอยกลับไปเมืองหลวงริชอมนด์ได้ และในระหว่างที่ลีกำลังเตรียมการป้องกันริชมอนด์ แกรนต์ก็เปลี่ยนเส้นทางลงใต้แบบไม่มีใครคาดคิด ข้ามแม่น้ำเจมส์ และเริ่มยุทธการล้อมเมืองปีเตอร์สเบิร์ก ซึ่งต้องสู้รบกันแบบสงครามสนามเพลาะ เป็นเวลานานกว่าเก้าเดือน
แกรนต์พบทหารคู่ใจ คือ นายพลฟิลิป เชอริแดน (Phillip Sheridan) ผู้ที่ก้าวร้าวเฉียบขาดพอที่จะได้ชัยในการทัพที่หุบเขาเชนันโดอาห์ (Valley Campaigns of 1864) เชอริดันในทีแรกถูกรุกต้องถอยร่นในยุทธการที่นิวมาร์เก็ต ภายใต้การคุมทัพของนายพล จอห์น ซี. เบรกคินริดจ์ อดีตรองประธานาธิบดีสหรัฐในรัฐบาลของเจมส์ บูแคนัน ยุทธการที่นิวมาร์เก็ตเป็นชัยชนะครั้งสุดท้ายของฝ่ายสมาพันธรัฐในสงครามนี้ เชอริดันใช้ความอุตสาหะเพิ่ม และสามารถเอาชนะพลตรีจูบัล เออลี ได้ในหลายสมรภูมิ ซึ่งรวมถึงการรบครั้งตัดสินในยุทธการที่ซีเดอร์ครีก (Battle of Cedar Creek) จากนั้นเชอริดันก็เข้าทำลายฐานผลิตทางการเกษตรใน เชนันโดอา วัลเลย์ อันเป็นยุทธวิธีแบบเดียวกับที่นายพลเชอร์แมนใช้ในจอร์เจีย
ทางฝ่ายนายพลเชอร์แมนก็เคลื่อนทัพจาก ชัตตานูกา (Chattanooga) ในเทนเนสซีลงสู่แอตแลนตา ระหว่างทางก็ตีทัพสมาพันธรัฐของนายพลโจเซฟ อี. จอห์นสัน กับจอห์น เบลล์ ฮู้ด แตกกระเจิงไป เมืองแอตแลนตาแตกในวันที่ 2 กันยายน ค.ศ. 1864 (ซึ่งเป็นการรับประกันว่าลินคอล์นจะได้รับเลือกเป็น ปธน. อีกสมัย) ทัพของจอห์น ฮู้ด ออกจากพื้นที่แอตแลนตาแล้วเข้าคุกคามเส้นทางส่งกำลังบำรุงของเชอร์แมน จากนั้นก็รุกเข้าเทนเนสซีเพื่อตลบหลังในการทัพแฟรงคลิน-แนชวิลล์ ผู้บัญชาการทัพสหภาพ พลตรีจอห์น แม็คอัลลิสเตอร์ สโคฟิลด์ตีทัพของฮู้ดแตกพ่าย จนหมดขีดความสามารถในการรบ ในยุทธการที่แนชวิลล์
ทัพของเชอร์แมนเคลื่อนออกจากแอตแลนตาโดยไม่มีจุดหมายที่แน่ชัด ทำลายไร่ฟาร์มในจอร์เจียไปถึง 1 ใน 5 ในการ “เดินทัพไปสู่ทะเล” (March to the Sea) ที่เลื่องชื่อในเรื่องของความไร้ปราณีในการปฏิบัติการ เชอร์แมนมาถึงฝั่งแอตแลนติกที่ ซาวันนาห์ มลรัฐจอร์เจีย ในเดือนธันวาคมปี 1864 กองทัพของเชอร์แมนพ่วงเอาทาสผิวดำที่ได้รับอิสรภาพแล้วเป็นพัน ๆ คนติดมาด้วย ไม่มีการสู้รบอย่างสลักสำคัญในระหว่างการเดินทัพ จากนั้นเชอร์แมนก็เปลี่ยนทางขึ้นสู่เหนือผ่านเซาท์แคโรไลนา และนอร์ทแคโรไลนา จนไปบรรจบกับแนวทัพของสมาพันธรัฐที่เวอร์จิเนีย
กองทัพของลีมีกำลังรบเบาบางลงไปมาก ทั้งจากความสูญเสียในการรบ และการหนีทัพ ความพยายามของฝ่ายสมาพันธรัฐครั้งสุดท้ายที่จะขับไล่กองกำลังของฝ่ายสหภาพที่ ปีเตอร์สเบิร์ก ล้มเหลวในยุทธการที่ไฟว์ฟอร์คส เมื่อวันที่ 1 เมษายน ทำให้ฝ่ายสหภาพเข้าล้อมพื้นที่รอบ ริชมอนด์-ปีเตอร์สเบิร์ก ไว้ได้โดยรอบ ตัดขาดเมืองหลวงริชมอนด์ออกจากสมาพันธรัฐอย่างสิ้นเชิง นายพลลีเห็นว่าเมืองหลวงจะเสียแก่ข้าศึกเสียแล้ว ก็ตัดสินใจส่งจดหมายไปแจ้ง ปธน. เจฟเฟอร์สัน เดวิส ให้อพยพคนออกจากเมือง มีการจลาจลเผาทรัพย์สินต่างๆในเมืองริชมอนด์ เมื่อกองพลที่ 25 ของสหภาพเดินทางมาถึงไฟก็ไหม้อาคารต่างๆเสียหายเป็นอันมาก ส่วนหน่วยรบที่เหลือของสมาพันธรัฐก็ถูกตีแตกในยุทธการที่เซย์เลอร์สครีก (Battle of Sayler’s Creek)
ฝ่ายสมาพันธรัฐยอมจำนน
นายพลโรเบิร์ต อี. ลี ได้รับสารจากนายพลแกรนต์ขอให้ยอมจำนนเสีย ลียังพยายามสู้ต่อ และพยายามจะฝ่ากองกำลังของเชอริแดนที่ปิดถนนใกล้กับ แอพโพแมตท็อกซ์ คอร์ทเฮ้าส์ไว้ แต่เมื่อพบว่าทางเลือกเดียวที่เหลือคือต้องรบแบบกองโจรในป่า ลีจึงตัดสินใจยอมวางอาวุธ แล้วส่งสารถึงแกรนต์ว่ากองทัพเวอร์จิเนียเหนือขอยอมจำนน สงครามกลางเมืองอเมริกาเป็นอันสิ้นสุดลงเมื่อวันที่ 9 เมษายน ค.ศ. 1865 ณ บ้านของ วิลเมอร์ แม็คลีน (McLean House)กองกำลังสมาพันธรัฐที่ยังไม่ยอมทิ้งอาวุธ ก็ทยอยกันยอมจำนนเมื่อข่าวการยอมแพ้ของนายพลลีทราบไปถึง
ในวันที่ 14 เมษายน ค.ศ. 1865 ประธานาธิบดีลินคอล์น ถูกนาย จอห์น วิลค์ส บูธ นักแสดงที่ฝักใฝ่ฝ่ายสมาพันธรัฐลอบยิง ลินคอล์นเสียชีวิตในรุ่งเช้าวันถัดไป และ แอนดรูว์ จอห์นสัน กลายเป็นประธานาธิบดีแทนที่ ต่อมาในวันที่ 26 เมษายน ค.ศ. 1865 นายพล โจเซฟ อี. จอห์นสตัน ยอมจำนนต่อนายพลเชอร์แมน พร้อมทหารกองทัพเทนเนสซีเกือบ 90,000 นาย ที่เบนเนตเพลส ใกล้กับเดอรัม (Durham) นอร์ทแคโรไลนา ประธานาธิบดีจอห์นสันออกแถลงการณ์ ประกาศจุดสิ้นสุดของการก่อความไม่สงบ เมื่อวันที่ 9 พฤษภาคม ค.ศ. 1865 ประธานาธิบดี เจฟเฟอร์สัน เดวิส ถูกจับกุมในวันถัดมา กำลังรบในแผนกทรานส-มิสซิสซิปปี (Trans-Mississippi) ของเคอร์บี สมิธ ยอมจำนนในวันที่ 2 มิถุนายนและ ในวันที่ 23 มิถุนายน ผู้นำชาโรกีอินเดียน แสตนด์ วาตี (Stand Watie) กลายเป็นนายพลฝ่ายสมาพันธรัฐคนสุดท้ายที่ยอมจำนนพร้อมกองกำลังของตน
