สงครามกลางเมืองกัมพูชา เป็นความขัดแย้งระหว่างพรรคคอมมิวนิสต์กัมพูชา (เขมรแดง) สาธารณรัฐประชาธิปไตยเวียดนาม (เวียดนามเหนือ) และเวียดกงฝ่ายหนึ่งกับรัฐบาลสาธารณรัฐเขมรที่ได้รับการสนับสนุนจากสหรัฐอเมริกาและสาธารณรัฐเวียดนาม (เวียดนามใต้) อีกฝ่ายหนึ่ง
สงครามนี้ซับซ้อนยิ่งขึ้นจากอิทธิพลและการกระทำของพันธมิตรคู่สงคราม การเข้ามีส่วนเกี่ยวข้องของกองทัพประชาชนเวียดนาม (กองทัพเวียดนามเหนือ) เป็นไปเพื่อป้องกันฐานที่มั่นทางตะวันออกของกัมพูชา
ซึ่งหากเสียไปการดำเนินความพยายามทางทหารในเวียดนามใต้จะยากขึ้น หรัฐประหาร 18 มีนาคม พ.ศ. 2513 ทำให้รัฐบาลนิยมอเมริกาและต่อต้านเวียดนามเถลิงอำนาจ และยุติความเป็นกลางในสงครามเวียดนาม กองทัพเวียดนามเหนือจึงถูกคุกคามจากทั้งรัฐบาลกัมพูชาใหม่ที่ไม่เป็นมิตรทางตะวันตก และกองกำลังสหรัฐและเวียดนามใต้ในเวียดนามทางตะวันออก

สงครามกลางเมืองกัมพูชา ตั้งแต่ พ.ศ. 2508 เป็นต้นมา นโยบายเอียงซ้ายของพระนโรดม สีหนุได้ปกป้องประเทศในการเข้าสู่สงครามเช่นในราชอาณาจักรลาวและเวียดนามใต้ ทั้งสาธารณรัฐประชาชนจีนและเวียดนามเหนือต่างไม่โต้แย้งถึงสถานะเอียงซ้ายของพระนโรดม สีหนุ กรมประชาชนถูกรวมเข้ากับรัฐบาล ในวันที่ 3 พฤษภาคม พ.ศ. 2508 พระนโรดม สีหนุได้ยุติข้อตกลงกับสหรัฐ งดรับความช่วยเหลือและหันไปรับความช่วยเหลือจากจีนและสหภาพโซเวียต ใน พ.ศ. 2509 มีข้อตกลงระหว่างจีนและพระนโรดม สีหนุมากขึ้นจนมีกองทหารเวียดนามเหนือและเวียดกงเข้ามาตั้งอยู่ในกัมพูชาตะวันออก และยอมให้ใช้ท่าเรือสีหนุวิลล์เพื่อขนส่งอาวุธและอาหารให้กับเวียดกง
ในปีเดียวกัน พระนโรดม สีหนุยอมให้ นายพลลน นล รัฐมนตรีว่าการกระทรวงกลาโหม ที่นิยมสหรัฐปราบปรามกิจกรรมของฝ่ายซ้าย ทำให้สมาชิกกรมประชาชนส่วนหนึ่งหนีไปฮานอย พระนโรดม สีหนุเสียความนิยมไปส่วนหนึ่งเนื่องจากปัญหาเศรษฐกิจ สินค้าที่ควรส่งออกถูกส่งไปให้เวียดกง กองกำลังคอมมิวนิสต์ในประเทศเติบโตขึ้นเรื่อยๆ การเลือกตั้งทั่วไปในวันที่ 11 กันยายน ฝ่ายอนุรักษนิยมได้คะแนนเสียงถึง 75%. ลน นลได้เป็นนายกรัฐมนตรีและรองนายกรัฐมนตรีคือพระสีสุวัตถิ์ สิริมตะ ซึ่งเป็นฝ่ายตรงข้ามกับพระนโรดม สีหนุ ความตึงเครียดในสังคมเพิ่มขึ้น และยังช่วยส่งเสริมการเติบโตของพรรคคอมมิวนิสต์ในพื้นที่ชนบท
การลุกฮือที่พระตะบอง
ในการรักษาสมดุลระหว่างที่ฝ่ายอนุรักษนิยมได้รับการสนับสนุนมากขึ้น พระนโรดม สีหนุได้จัดตั้งรัฐบาลเงาเพื่อตรวจสอบการบริหารของลน นลสิ่งหนึ่งที่ลน นลได้ทำเป็นอย่างแรกเมื่อเข้ารับตำแหน่งคือแก้ปัญหาเศรษฐกิจโดยอุดรูรั่วของการขนส่งข้าวไปให้พรรคคอมมิวนิสต์ ทหารถูกส่งเข้าไปในพื้นที่ปลูกข้าว เพื่อควบคุมการเก็บเกี่ยวและซื้อด้วยราคาของรัฐบาลซึ่งเป็นราคาที่ต่ำ ซึ่งสร้างความไม่พอใจให้แก่ชาวนา โดยเฉพาะในพระตะบอง ในวันที่ 11 มีนาคม พ.ศ. 2510 ในขณะที่พระนโรดม สีหนุเสด็จไปฝรั่งเศส กลุ่มกบฏได้ลุกฮือที่สัมลวต ในพระตะบอง ทำร้ายเจ้าหน้าที่เก็บภาษี ลน นลได้ประกาศกฎอัยการศึก และส่งทหารเข้าไปทำให้มีผู้เสียชีวิตหลายร้อยคน หมู่บ้านถูกเผา เมื่อพระนโรดม สีหนุเสด็จกลับมา ได้สั่งจับกุม ฮู ยวน ฮู นิม และเขียว สัมพัน ทั้งหมดได้หนีไปยังภาคตะวันออกเฉียงเหนือ
พระนโรดม สีหนุได้สั่งให้จับกุมพ่อค้าคนกลางชาวจีน ที่เกี่ยวข้องกับการค้าข้าวผิดกฎหมาย ต่อมา ลน นลถูกบีบให้ลาออก พระนโรดม สีหนุพยายามให้ฝ่ายซ้ายเข้ามาถ่วงดุลกับฝ่ายอนุรักษนิยม วิกฤตที่เกิดขึ้นได้ผ่านพ้นไป แต่ทำให้มีประชาชนหลบลงใต้ดินไปรวมกับฝ่ายคอมมิวนิสต์มากขึ้น ซึ่งพระนโรดม สีหนุเรียกกลุ่มนี้ว่าเขมรแดง ส่วนลน นลกลายเป็นผู้เกี่ยวข้องกับการปราบปรามอันเหี้ยมโหด
การจัดกลุ่มใหม่ของพรรคคอมมิวนิสต์
เหตุการณ์ที่เกิดขึ้นใน พ.ศ. 2510 แม้จะไม่ได้วางแผนมาอย่างดี แต่ก็ทำให้เห็นภาพพจน์ของฝ่ายคอมมิวนิสต์ได้ว่าในเขตชนบท ผู้นำคือ พล พตเอียง ซารี และซอน เซน ซึ่งเป็นผู้นิยมลัทธิเหมา มีอิทธิพลในเขตพื้นที่ของเขมรบน เขมรแดงมีความเกี่ยวข้องกับเวียดนามเหนือน้อย ได้มีการจัดองค์กรใหม่ จัดตั้งองค์กรและอบรมเอง ในขณะที่เวียดนามเหนือก็ไม่พอใจกลุ่มนิยมจีนเหล่านี้ ในวันที่ 17 มกราคม พ.ศ. 2511 เขมรแดงได้เริ่มการต่อสู้โดยจัดตั้งกองทัพปฏิวัติกัมพูชา ต่อมาในวันที่ 11 พฤษภาคม พ.ศ. 2512 พระนโรดม สีหนุได้สถาปนาความสัมพันธ์กับสหรัฐอีกครั้งตามคำแนะนำของกลุ่มฝ่ายขวาในรัฐบาล
แม้ว่าสหรัฐจะกังวลเกี่ยวกับการเข้ามาแทรกแซงในกัมพูชาของเวียดนามตั้งแต่ พ.ศ. 2509 แต่สหรัฐก็ยังไม่ได้ดำเนินการใดๆ เพราะคิดว่าพระนโรดม สีหนุจะเปลี่ยนแปลงนโยบาย แต่ก็ได้ส่งที่ปรึกษาทางการทหารเข้าไปใน พ.ศ. 2510 อย่างไรก็ตาม นโยบายที่จะให้สหรัฐถอนตัวออกจากเวียดนามและทำให้ความขัดแย้งกลายเป็นเรื่องของเวียดนามทำให้ทุกอย่างเปลี่ยนไป ในวันที่ 15 มีนาคม พ.ศ. 2512 ได้เกิดปฏิบัติการมนู เครื่องบินของกองทัพอาการสหรัฐได้บินเข้าไปทิ้งระเบิดในดินแดนกัมพูชาที่อยู่ตรงข้ามกับจังหวัดตายนิญในเวียดนามใต้ และได้ทิ้งระเบิดจำนวนมากตามแนวชายแดน โดยหวังว่าจะขับไล่เวียดกงออกไปจากกัมพูชาได้ ฮานอยยังคงนิ่งเงียบหลังจากเหตุการณ์นี้ ไม่มีการประชุมใดๆเกิดขึ้นตามมา

การโค่นล้มพระนโรดม สีหนุ (พ.ศ. 2513)
เมื่อพระนโรดม สีหนุออกเดินทางไปยังฝรั่งเศส ได้มีกลุ่มต่อต้านเวียดนามซึ่งได้รับการสนับสนุนบางส่วนจากรัฐบาลออกมาประท้วงที่สถานทูตเวียดนามเหนือและเวียดกง ลน นลไม่ได้พยายามทำให้การประท้วงสิ้นสุดลง ในวันรุ่งขึ้น กลับสั่งปิดท่าเรือสีหนุวิลล์ไม่ให้เวียดนามเหนือใช้ และประกาศขับไล่ทหารเวียดกงออกไปจากกัมพูชาภายในวันที่ 15 มีนาคม ในวันที่ 18 มีนาคม พ.ศ. 2513 ได้จัดให้มีการประชุมสภาเกี่ยวกับอนาคตของพระนโรดม สีหนุ ในฐานะประมุขรัฐ ซึ่งสภาลงมติ 92 – 0 ปลดพระนโรดม สีหนุออกจากประมุขรัฐ เจง เฮงได้เป็นประธานสมัชชาแห่งชาติ ลน นลเป็นนายกรัฐมนตรีและมีอำนาจในสถานการณ์ฉุกเฉิน พระสีสุวัตถิ์ สิริมตะเป็นรองนายกรัฐมนตรี รัฐบาลใหม่คงอยู่เพื่อให้การถ่ายโอนอำนาจเป็นไปโดยถูกต้องตามกฎหมาย และเป็นไปตามรัฐธรรมนูญ เพื่อให้ได้รับการยอมรับในระดับนานาชาติ มีข้อสงสัยว่าสหรัฐอยู่เบื้องหลังการปลดพระนโรดม สีหนุแต่ไม่มีหลักฐาน
ชนชั้นกลางส่วนใหญ่และชาวกัมพูชาที่มีการศึกษายอมรับการเปลี่ยนแปลงไปสู่ระบอบใหม่เพราะหมายถึงการได้รับความช่วยเหลือจากสหรัฐและมีกองทหารสหรัฐเข้ามาในประเทศ พระนโรดม สีหนุที่เดินทางไปยังปักกิ่งได้ประกาศผ่านทางวิทยุเรียกร้องให้ประชาชนที่สนับสนุนพระองค์ออกมาประท้วง ซึ่งมีผู้ประท้วงออกมาในหลายจังหวัดแต่ที่รุนแรงที่สุดคือจังหวัดกำปงจาม ในวันที่ 29 มีนาคม ฝูงชนได้ฆ่าลน นิล น้องชายของลน นลและตัดเอาตับไปปรุงอาหาร มีผู้ประท้วงให้สีหนุกลับมาในพนมเปญราว 40,000 คน ก่อนที่จะสงบลง และกลายเป็นการต่อสู้ด้วยอาวุธ
