เหตุการณ์กรือเซะ ถอดบทเรียนเหตุการณ์ปะทะหลายจุดในสามจังหวัดชายแดนใต้ในวันที่ 28 เมษายน เมื่อ 12 ปีก่อน จนทำให้มีผู้เสียชีวิตทั้งเจ้าหน้าที่และผู้ก่อเหตุรวมกันกว่า 108 ราย อย่างไรก็ตาม ในชั้นไต่สวนการตาย มีหลักฐานพยานที่ชี้ว่าการกระทำที่เกินกว่าเหตุของเจ้าหน้าที่เป็นผลทำให้มีผู้เสียชีวิตจำนวนมาก แต่ศาลเลือกให้น้ำหนักจากปากคำเจ้าหน้าที่มากกว่า และภายหลังกระบวนการไต่สวนการตายนอกจากเรื่องการเยียวยาแล้ว เรื่องอื่นกลับไม่เดินหน้า

เค้าลางความผิดปกติเริ่มปรากฏเมื่อคืนวันที่ 26 เมษายน 2547 ชาวบ้านรายงานว่าพบกลุ่มคนระดับแกนนำผู้ก่อความไม่สงบเข้ารวมตัวกันในพื้นที่ควนโนรี อำเภอโคกโพธิ์ จังหวัดปัตตานี ประมาณการณ์ได้กว่า 30 คน
เหตุการณ์กรือเซะ 28 เมษายน 2547 สื่อมวลชนบันทึกเหตุการณ์ในช่วงนั้นไว้ว่า เหตุการณ์เริ่มต้นขึ้นเมื่อเวลาประมาณ 5.30 น. มีกลุ่มคนร้ายจำนวนกว่า 40 คน บุกเข้าไปปฏิบัติการยึดป้อมตำรวจกรือเซะบริเวณ ถ.สายปัตตานี-นราธิวาส ม.3 ต.ตันหยงลุโละ อ.เมืองปัตตานี จนทำให้เจ้าหน้าที่เสียชีวิต 4 ราย ตำรวจประจำป้อมหลบหนีออกมานอกป้อมพร้อมกับวิทยุขอความช่วยเหลือหน่วยข้างเคียง ขณะนั้นกลุ่มคนร้ายเริ่มทำการเผารถจักรยานยนต์ของตำรวจ 5 คัน จุดไฟเผาหลังคาป้อมตำรวจ ไม่นานเมื่อชุดลาดตระเวนมาถึงจึงเกิดการปะทะกันอย่างต่อเนื่องจนเจ้าหน้าที่ประเมินสถานการณ์ว่าไม่สามารถรับมือได้ จึงวิทยุขอกำลังเสริมเข้ามาอีกชุดหนึ่ง การปะทะกันทำให้กลุ่มผู้ก่อเหตุล่าถอย ในขณะเดียวกันกำลังทหารจากหน่วนรบพิเศษเข้ามาเสริม โดยนำอาวุธหนักและรถหุ้มเกราะเข้ามาในพื้นที่ จนเป็นเหตุให้กลุ่มผู้ก่อเหตุจำนวนกว่า 30 คนล่าถอยเข้าไปยังมัสยิดกรือเซะ ซึ่งอยู่ห่างจากจุดปะทะเพียงแค่ 200 เมตร ผู้ก่อเหตุบางส่วนหลบหนีเข้าไปในบ้านของชาวบ้านบริเวณนั้น
เหตุการณ์กรือเซะ หลังจากกลุ่มผู้ก่อเหตุเข้าหลบซ่อนในมัสยิดกรือเซะก็มีการตอบโต้กันเป็นระยะๆ เจ้าหน้าที่หน่วยรบพิเศษเริ่มยิงแก๊สน้ำตาเข้าไปภายในมัสยิดแต่ก็ไม่เป็นผล เนื่องจากยังมีการยิงสวนออกมา จนกระทั่ง 11.00 น. หน่วยรบพิเศษได้รับคำสั่งให้ใช้อาวุธหนัก เจ้าหน้าที่ใช้รถหุ้มเกราะ วี 150 และอาวุธเบี่ยงเบนความสนใจเพื่อที่จะลอบเข้ามัสยิดทางด้านทิศเหนือ แต่ก็ยังมีการตอบโต้จากกลุ่มผู้ก่อเหตุภายในมัสยิดเช่นเคย สถานการณ์ยังยืดเยื้อต่อไปจนกระทั่งมีการประกาศทางลำโพงของมัสยิดเป็นภาษามลายูได้ความว่า ขอให้ทุกคนแบ่งอาวุธเท่าๆ กัน และพร้อมใจกันสู้ตาย คำประกาศดังกล่าวยิ่งทำให้สถานการณ์เข้าสู่ภาวะวิกฤติ เจ้าหน้าที่จึงกันชาวบ้านและสื่อมวลชนให้ออกนอกพื้นที่ ก่อนใช้ปืนอาร์พีจีระดมยิงเข้าไปภายในมัสยิด
การปิดล้อมเป็นไปถึง 9 ชั่วโมง โดยเจ้าหน้าที่สามารถควบคุมพื้นที่ได้ในเวลา 14.00 น. เมื่อเริ่มเข้าเคลียร์พื้นที่พบว่ามีผู้เสียชีวิตบริเวณนอกกำแพงมัสยิด 4 ราย ขณะเดียวกันประชาชนกว่า 1,000 คน
โดยรอบเริ่มส่งเสียงโห่ร้องเนื่องจากอยากเข้าไปตรวจสอบภายในมัสยิดว่ามีญาติตนเองหรือไม่ ไม่มีรายงานว่าการโห่ร้องเป็นการแสดงออกถึงการให้ความสนับสนุนผู้ก่อเหตุแต่อย่างใด
ภายหลังเหตุการณ์ รัฐบาล พ.ต.ท. ทักษิณ ชินวัตร ในขณะนั้นได้มีการแต่งตั้ง “คณะกรรมการอิสระไต่สวนข้อเท็จจริงกรณีมัสยิดกรือเซะ” ขึ้นโดยคณะกรรมการเสียงข้างมากมีความเห็นว่า
“แม้ฝ่ายเจ้าหน้าที่จะอ้างว่า จำเป็นต้องใช้อาวุธเพื่อปกป้องชีวิตตนเองและประชาชนผู้บริสุทธิ์ เมื่อคำนึงถึงที่ตั้งของมัสยิดกรือเซะซึ่งตั้งอยู่เป็นเอกเทศ ไม่ได้ตั้งอยู่ในแหล่งชุมชนและจำนวนประชาชนก็ไม่ได้มีจำนวนมากตามที่มีการกล่าวอ้าง การใช้วิธีปิดล้อมและตรึงกำลังไว้รอบมัสยิดควบคู่ไปกับการเจรจาและเกลี้ยกล่อมโดยสันติวิธี อาจทำให้ผู้ก่อความไม่สงบยอมจำนนได้ในที่สุด อันจะช่วยให้ฝ่ายเจ้าหน้าที่ได้รับข้อมูลเรื่องวัตถุประสงค์ของการดำเนินการครั้งนี้ รวมทั้งผู้อยู่เบื้องหลัง ซึ่งจะเป็นประโยชน์แก่การประเมินสถานการณ์และป้องกันภัยที่อาจเกิดขึ้นในอนาคต การยุติเหตุการณ์มัสยิดกรือเซะด้วยสันติวิธีจึงมีความเหมาะสมกว่าที่จะใช้วิธีรุนแรงและอาวุธหนักเพื่อยุติเหตุการณ์…”
ต่อมา 28 พฤศจิกายน 2549 ผ่านไปสองปีหลังเกิดเหตุการณ์นองเลือด ศาลจังหวัดปัตตานีนัดฟังคำสั่งศาลในคดีชันสูตรพลิกศพ 32 รายในเหตุการณ์มัสยิดกรือเซะ โดยมีพนักงานอัยการจังหวัดปัตตานีและญาติผู้เสียชีวิตนำโดย สการียา ยูโส๊ะ และพวกรวม 32 คน เป็นผู้ร่วมซักค้าน คำสั่งศาลสรุปว่า ผู้เสียชีวิตทั้งหมดถูกเจ้าหน้าที่กระทำให้เสียชีวิต ซึ่งเป็นการเสียชีวิตภายใต้คำสั่งการของ พล.อ. พัลลภ ปิ่นมณี รองผู้อำนวยการกองอำนวยการรักษาความปลอดภัยภายใน (กอ.รมน.) และ พ.อ.มนัส คงแป้น ผู้บังคับหน่วยเฉพาะกิจปัตตานี พ.ต.นายทหารยุทธการกรมรบพิเศษที่ 3 (ยศในขณะนั้น)
การไต่สวนชันสูตรพลิกศพเป็นไปตามมาตรา 150 ในประมวลกฏหมายวิธีพิจารณาความอาญา ซึ่งระบุว่า หากมีผู้เสียชีวิตภายใต้การกระทำการของเจ้าหน้าที่รัฐหรือในลักษณะวิสามัญฆาตกรรม อัยการจะต้องยื่นคำร้องขอไต่สวนการตายต่อศาล เพื่อให้ศาลพิจารณามีคำสั่งว่าผู้เสียชีวิตคือใคร เสียชีวิตที่ไหน อย่างไร รวมทั้งพฤติกรรมการตายเป็นอย่างไร อย่างไรก็ตาม การไต่สวนชันสูตรพลิกศพ เป็นเพียงกระบวนการเบื้องต้น ไม่ใช่การพิพากษาคดีว่าเจ้าหน้าที่ทำเกินกว่าเหตุหรือไม่
10 กุมภาพันธ์ 2552 สำนักงานอัยการสูงสุดโดยนายวัยวุฒิ หล่อตระกูล รองอัยการสูงสุดปฏิบัติหน้าที่แทนอัยการสูงสุด ได้ส่งหนังสือถึงนางอังคณา นีละไพจิตร ประธานคณะทำงานเพื่อความยุติธรรมเพื่อสันติภาพ ชี้แจ้งกรณีที่คณะทำงานยุติธรรมเพื่อสันติภาพได้มีหนังสือขอให้ดำเนินการกรณีการเสียชีวิตที่มัสยิดกรือเซะตามกฏหมายเพื่อประโยชน์แห่งความยุติธรรม ตามคำสั่งศาลจังหวัดปัตตานี สำนักงานอัยการสูงสุดชี้แจ้งว่า พิจารณาแล้วมีคำสั่งไม่ฟ้อง จ่าสิบตำรวจอดินันท์ หรืออดินันต์ เกษตรกาลาห์ หรือเกษตรกาลาม์หรือเกษตรกาลา ผู้ต้องหาที่ 1 จ่าสิบเอกเดชา ผลาหาญ ผู้ต้องหาที่ 2 จ่าสิบเอกชูศักดิ์ ตรุณพิมพ์ ผู้ต้องหาที่ 3 สิบเอกชิดชัย อ่อนโต๊ะ ผู้ต้องหาที่ 4 พลทหารสุรชัย ศิลานันท์ ผู้ต้องหาที่ 5 และพันเอกมนัส คงแป้น ผู้ต้องหาที่ 6 ฐานร่วมกันฆ่าผู้อื่น ตามประมวลกฎหมายอาญา มาตรา 288, 83, 68 ตามที่นายสการียา ยูโซ๊ะ และพวก 32 คน ญาติของผู้เสียชีวิตกรณีมัสยิดกรือเซะส่งฟ้องข้อหาฆ่าคนตาย
นอกจากกรณีมัสยิดกรือเซะแล้ว วันที่ 28 เมษายน 2547 ยังมีอีกเหตุการณ์ความรุนแรงในพื้นที่ 3 จังหวัดชายแดนภาคใต้ที่สำคัญไม่แพ้กัน นั่นคือ เหตุการณ์ในพื้นที่อำเภอสะบ้าย้อย จังหวัดสงขลา เวลาประมาณ 5 น. มีกลุ่มวัยรุ่นชายจำนวนประมาณ 20 คน แต่งกายคล้ายชุดดาวะห์ขี่รถจักรยานยนต์มายังหน่วยบริการประชาชนพร้อมอาวุธ ปืน มีด และระเบิด จากนั้นชาย 2 คน ในกลุ่มดังกล่าวถือมีดวิ่งตรงมายังบังเกอร์ด้านหน้าหน่วยบริการประชาชนขณะนั้นมี ตำรวจสถานีตำรวจภูธรอำเภอสะบ้าย้อยนั่งอยู่ เมื่อเห็นว่าผู้ก่อเหตุหมายจะทำร้าย จ.ส.อ.ชาญณรงค์ จึงใช้ปืนยิงไปที่ทั้งสองคนจนเสียชีวิต จากนั้นมีการยิงสกัดพวกพรรคที่เตรียมจะเข้ามาจู่โจม จนกลุ่มผู้ก่อเหตุต้องวิ่งหนีเข้าไปหลบร้านอาหารสวยน๊ะและบริเวณบ้านพักครูซึ่งอยู่ใกล้กัน
สื่อมวลชนรายงานว่า เมื่อเจ้าหน้าที่ตำรวจติดตามไปยังบริเวณบ้านพักครู เจ้าหน้าที่ได้วิทยุเรียกขอกำลังสนับสนุนทั้งฝ่ายปกครองและอาสาสมัครมาปิดล้อมบริเวณดังกล่าว และพยายามเกลี้ยกล่อมให้กลุ่มวัยรุ่นออกมามอบตัวทั้งภาษามลายูและภาษาไทย กลุ่มวัยรุ่นไม่ออกมามอบตัว ทั้งยังตะโกนเป็นภาษามลายูว่าสู้ตายและยิงตอบโต้ออกมาเป็นระยะ จึงเกิดการยิงปะทะกันประมาณ 4-5 นาที หลังจากนั้นพบว่าวัยรุ่นทั้งหมดเสียชีวิตภายในร้านอาหาร รวม 19 คน
วันที่ 15 กันยายน 2551 หลังจากเหตุการณ์ผ่านไป 4 ปี ศาลจังหวัดสงขลามีคำสั่งการไต่สวนการตายกรณีการสังหารกลุ่มวัยรุ่นนักฟุตบอล 19 ศพที่อำเภอสะบ้าย้อยว่าเป็นการร่วมยิงต่อสู้และตายด้วยคมกระสุนของเจ้าหน้าที่ นายแพทย์พงษ์ศักดิ์ ตันติฉันทการุณ นายแพทย์วิษณุ ฝอยทอง แพทย์ผู้ร่วมชันสูตรพลิกศพผู้ตายทั้งสิบเก้าเบิกความประกอบรายงานการชันสูตรพลิกศพว่า ผู้ตายทั้งสิบเก้าตายด้วยสาเหตุถูกเจ้าพนักงานตำรวจยิง โดยอ้างว่าปฏิบัติการตามหน้าที่
พยานหลักฐานผู้ร้องเบิกความเชื่อมโยงสอดคล้องตรงกันเป็นลำดับขั้นตอน ตามเหตุการณ์ที่เกิดขึ้น ไม่ปรากฏว่าพยานผู้ร้องมีสาเหตุโกรธเคืองกับผู้ตายทั้งสิบเก้า เชื่อว่า เบิกความไปตามความจริง ส่วนพยานหลักฐานผู้ซักถามที่ 1 ถึงที่ 19 ไม่สามารถนำสืบหักล้างให้ศาลเห็นเป็นอย่างอื่น
การไต่สวนการตายอันเป็นเหตุมาจากเจ้าหน้าที่รัฐ ในเหตุการณ์วันที่ 28 เมษายน 2547 เป็นที่วิพากษ์วิจารณ์มากเกี่ยวกับปัญหาของกระบวนการยุติธรรม ซึ่งส่งผลถึงความรู้สึกไม่เป็นธรรมที่ชาวบ้านได้รับ
พรเพ็ญ คงขจรเกียรติ จากมูลนิธิผสานวัฒนธรรม ยกตัวอย่างถึงกรณีมัสยิดกรือเซะว่า มีผู้เสียชีวิต 32 ราย และเหตุการณ์ที่ป้อมตำรวจ สภ.สะบ้าย้อย ซึ่งมีเยาวชนนักฟุตบอลเสียชีวิต 19 ราย มีพยานหลักฐานที่น่าเชื่อได้ว่าเกิดจากการกระทำเกินกว่าเหตุของเจ้าหน้าที่ชุดที่ปฏิบัติงานอยู่ในขณะนั้น และเป็นสาเหตุที่ทำให้เกิดการเสียชีวิต แต่กระบวนการต่อเนื่องจากการไต่สวนการตายกลับไม่เดินหน้า
“ตัวอย่างที่เห็นชัดเจนที่สุดก็คือ ในเหตุการณ์ที่สะบ้าย้อยมีหลักฐานว่าบาดแผลเกิดจากการยิงระยะเผาขนในลักษณะที่เยาวชนบางส่วนยอมแล้วและอยู่ระหว่างการถูกควบคุมตัว แต่หลังคดีไต่สวนการตาย พนักงานอัยการซึ่งเป็นผู้มีอำนาจในการพิจารณาว่าเห็นควรสั่งฟ้องเจ้าหน้าที่ผู้ที่ทำให้เกิดการเสียชีวิตหรือไม่ กลับมีความเห็นสั่งไม่ฟ้อง ทั้งๆ ที่เป็นการวิสามัญฆาตกรรม เมื่อเป็นแบบนี้ทางญาติผู้เสียชีวิตก็ไม่มีกำลังจะไปดำเนินการฟ้องร้องเรียกค่าเสียหายหรือฟ้องคดีอาญาเองได้ จึงเป็นข้อจำกัดในการเข้าถึงความยุติธรรมของประชาชน” พรเพ็ญ กล่าว